Acceleratoarele şi incubatoarele sunt structuri similare, dar diferenţa majoră între cele două constă în faptul că acceleratoarele rulează programe intensive şi de scurtă durată, „un sprijin specific pentru dezvoltarea businessului (produs, strategii de marketing, pieţe de desfacere, strategii de creştere etc.), pe când incubatoarele sunt orientate pe o susţinere a mediului antreprenorial la modul general prin sprijin administrativ şi logistic extins pe o perioadă mai lungă, de maxim 3 ani”, explică Rusu. La rândul său, Cristina Ţoncu susţine că „Acceleratorul pune accent pe creşterea startup-ului şi pregătirea acestuia pentru o noua evaluare şi o rundă de finanţare superioară. De aceea, acceleratorul are o anumită responsabilitate pentru succesul startup-ului respectiv”.

De obicei, un incubator de afaceri sprijină un start-up la nivel incipient de dezvoltare, „să clarifice principalele aspecte ale dezvoltării afacerii”, spune Ţoncu. Ea menţionează că „elementul cheie în accelerator este mentoratul, deci acces la cunoştinţe de business foarte intense şi acces la conexiuni extrem de utile pentru vizibilitate şi creştere: mentori, experţi,  business angels sau investitori VC”.

Un alt aspect care diferenţiază cele două tipuri de programe este faptul că incubatorul percepe o taxă sau este gratuit şi rareori cumpără acţiuni în companiile pe care le „păstoreşte”, incubatorul fiind dezvoltat pe un anumit domeniu sau într-o anumită verticală. „Un incubator este un loc fizic, în general un co-working space, unde sunt găzduite echipe care primesc diverse servicii, pornind de la o bucătărie comună unde au toţi acces la cafea până la servicii mai complexe, contabilitate, de exemplu. Pe scurt, incubatorul este locul şi acceleratorul este programul prin care businessul este crescut”, este de părere Andrei Postolache, cofondator al TBNR.